Nakon povratka u domovinu Bosnu, počeo je okupljati omladinu oko sebe postavši joj veliki uzor i vođa. Radio je kao nastavnik u Gazi Husrev-begovoj medresi i kao profesor Više islamske šerijatsko-teološke škole u Sarajevu. Bio je upravitelj i bibliotekar Gazi Husrev-begove biblioteke. Kada se osnovala organizacija „Mladi muslimani“ Mehmed-ef. Handžić je bio nešto starija generacija od osnivača, tako da nije učestvovao u njenom osnivanju, ali organizacija „Mladi muslimani“ ubrzo postaje sekcija Udruženja ilmijje „El Hidaje“, čiji je predsjednik bio Mehmed-ef. Handžić koji mladomu[1]slimanima postaje vjerski uzor i vođa.

BOGAT INTELEKTUALNI I STVARALAČKI RAD

U samo trinaest godina intelektualnog rada Handžić je objavio preko tri stotine naslova knjiga, rasprava i članaka, postavši tako jedan od najznačajnijih bošnjačkih učenjaka svog vremena. Pisao je djela iz hadisa, tefsira, akaida i historije islama. Najznačajnija njegova djela su: Uvod u ha[1]disku nauku, Uvod u tefsirsku nauku, Ilmul kelam, Zbirka izabranih dova iz Kur’ana i hadisa, Bilješke na Ibn Tejmijino djelo El kelimut-tajji[1]bu min ezkarin-nebijj, Bilješke na Bejhekijevo djelo Hajatul-enbija, Stotinu kratkih hadisa, Pedeset važnih hadisa, Hadis i njegova važ[1]nost, Obnavljanje islama – komentar jednog hadisa, Izharul-behadže bi šerh Sunen Ibn Madždže, Tumačenje sure El Maun i sure El Gašije, Tumačenje ajeta o fikhskim propisima iz sura El Bekare i En Nisa, El Hidajin ilmihal, Opći pogled na sekte, Rajske bašče o temeljima vjerovanja, Miradžija, Islamizacija Bosne i Hercegovine i porijeklo bosansko-hercegovačkih muslimana i dr.

POŽRTVOVANA BORBA ZA BOŠNJAČKU AFIRMACIJU I SMRT HANDŽIĆA

U ovom posljednjem djelu Mehmed Handžić zaključuje: „Bosansko-hercegovački muslimani su starosjedioci ove zemlje, a ne došljaci. Svojevoljno su napustili svoju staru bogumilsku vjeru i prigrlili uzvišeni islam iz opravdanih razloga. Bosansko-hercegovački muslimani vole svoju domovinu i svoj narod i za njih se bore te su, prema tome, patrioti i nacionalni elemanat. Prigovori da su muslimani anacionalan element nemaju nikakve osnove.“ Mehmed-ef. Handžić je držao predavanja u školama, Gazi Husrev-begovoj džamiji, Carevoj, Hadžijskoj i Čekrečijinoj džamiji, kao i kod kuće. Umro je u 38. godini, pod sumnjivim okolnostima, tj. poslije bezazlene operacije bruha. Njegova porodica se nikada nije mogla pomiriti sa preranom smrću mladog alima. Na njegovom nišanu i danas stoji tarih koji glasi: „Još jedna žrtva komunizma u BiH. Čovjek koji se borio protiv Tita.“ Mehmed Handžić je preselio na Ahiret u najboljim godinama života i u veoma teškom periodu kroz koji su prolazili njegovi sunarodnici, ali je svojim požrtvovnim radom i aktuelnim djelima ostao uzor generacijama poslije njega.